卢循收集残兵几千人逃往越南。越南那时也是东晋领土。龙编（越南河内市）守军再次把卢循击溃。卢循彻底绝望，自杀身亡。
持续11年之久的五斗米道之乱终于被平定。
刘裕休整军队，扩充水军，也建造了大量十几丈高的楼船。
公元413年，刘裕派兵去收复益州。
刘裕为此战制定了详细的作战计划。因为担心内鬼泄露情报，他把作战计划装进一个匣子里交给西征军的统帅朱龄石，告诉朱龄石进入蜀地之后再打开。
西征军进入蜀地。朱龄石打开匣子拿出作战计划，看到刘裕让他率领主力从外水（岷江）方向发起进攻直取成都，而以老弱部队从内水（涪江）佯攻黄虎（四川省绵阳）。朱龄石立即依计行事。
谯纵中计，派重兵把守内水。晋军从外水直插彭模（四川眉山彭山县南），抢滩登陆杀奔成都。谯纵以为全线失守，弃城而逃。朱龄石兵不血刃就占领了成都。驰援成都的蜀军遇到单身出逃的谯纵气得要死，杀了谯纵四散而走。益州于是被晋军收复。
至此东晋基本恢复了桓温、谢安时代的地盘。国内结束内乱恢复了安定。