公元399年——403年?晋安帝即位。孙恩海上起兵，刘牢之破之。桓玄入主建康，掌控朝政。
孙恩聚众造反。朝廷肯定要派兵镇压。桓玄自告奋勇率军助战。朝廷婉言谢绝，不敢让桓玄的军队再靠近建康。朝廷调刘牢之和谢琰[yǎn]的军队去镇压孙恩。
刘牢之原本是谢玄的部下，谢玄死后归入王恭麾下。王恭死后，刘牢之接替了王恭的位子，负责江北七州的防务。
谢琰是谢安的儿子，曾参加过淝水之战，现任徐州刺史。
刘牢之和谢琰联手去战孙恩。孙恩人数虽多，但是乌合之众，战斗力不强，一打就败，一败就跑。孙恩是海盗，老窝在舟山群岛。舟山群岛有不计其数的小岛。孙恩躲进舟山群岛，想找到他无异于大海捞针。
另外晋军水军的舰船也不适合海上作战。海盗船是带密闭舱的，在海上航行不怕触礁漏水，打起仗来也不容易被对方的抛石机砸漏。孙恩的舰船有八个密闭舱。晋军的舰船在内河航行，只担心搁浅，不担心触礁，没有密闭舱设计。并且，晋军的舰船个头小。孙恩的舰船是四层楼船的巨舰，可以轻松碾压晋军。
所以，晋军只在陆上跟孙恩打，撵下海就算完成任务了。