马元显让“免奴为客者”到建康充军引起社会骚动。一直伺机复仇是孙恩认为机会来了，带着他的党羽从海岛上杀了回来。他攻下上虞县（浙江上虞），杀了县令，然后攻打会稽郡。一边打他一边扩充军队。
会稽郡的长官是书圣王羲之的儿子。他也信奉天师道。他不知道是有意放水还是迷信透顶，拒绝派兵抵抗，说自己已经请来了天兵天将守住城池。但他的天兵天将不好使，不仅没保住城池也没保住他的脑袋。
孙恩占了会稽郡。周边八郡都有人起兵响应他。这些响应他的人是不是天师道教众不得而知。总之在十天之内，孙恩聚集了几十万人。规模不亚于当年的黄巾之乱。
黄巾之乱也是依靠宗教起事。发起人张角也是道教的教主。只不过张角属于太平道。孙恩属于天师道。两者各是道教的一个分支。太平道盛行于北方。天师道盛行于南方。
孙恩起事之后都做了些什么呢？史书有如下记载：“民有不与之同者，戮及婴孩，死者什七、八。醢诸县令以食其妻子，不肯食者，辄支解之。所过掠财物，烧邑屋，焚仓廪，刊木，堙井，相帅聚于会稽，妇人有婴儿不能去者，投于水中，曰：‘贺汝先登仙堂，我当寻后就汝。’恩表会稽王道子及世子元显之罪，请