武力威胁中央情同造反，必须派兵讨伐。
司马道子于是任命司马元显为征讨都督，率军迎战造反的藩镇。
庾楷立功心切，一马当先杀过长江。司马尚之指挥部队将其击败。司马尚之刚想喘口气，桓玄和杨佺期又栓江而下杀到近前。司马尚之以一敌二被杀得大败。桓、杨乘胜进逼建康，杀至石头城。殷仲堪杀至芜湖。司马元显见势不妙全线收缩保卫建康。
建康城内乱作一团。
所幸刘牢之背叛王恭使战局逆转。司马元显派人策反刘牢之，向他承诺，如果他能杀了王恭，王恭的位子就是他的。刘牢之于是反戈一击杀向王恭。王恭战败被杀。
叛军得知盟主王恭死了军心大乱。司马道子趁机招抚叛军，承诺既往不咎，让他们撤军。
桓玄等人就坡下驴，收兵回营。
朝廷对这些叛将百般妥协。叛将没了约束开始争权夺利抢地盘，自己干了起来。桓玄最后胜出，灭了殷仲堪和杨佺期成为独霸一方的大军阀。
在东晋内乱期间，后秦姚兴趁机攻占了洛阳。南燕慕容德攻占了青州，在青州称帝。
司马道子在叛将撤军后认为危机解除，又开始沉迷酒色，将朝政交给儿子司马元显打理。