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隗嚣的部将听说光武帝御驾亲征，没信心打下去了，纷纷向光武帝投降。隗嚣宁死不降，逃往西城（甘肃天水西南）负隅顽抗。
恰逢河东守军叛乱威胁洛阳，光武帝留下部分军队继续进攻西城，自己率领主力急驰回京。
西征部队把当地的粮食都吃光了也没能攻克西城，只好暂时撤兵。隗嚣在公孙述的帮助下发动反攻收复了失地。
但是关中大灾，隗嚣的军队也搞不到粮食吃。身为统帅的隗嚣也仅能喝碗稀粥。隗嚣连饿带病，死了。
汉军回去筹齐粮食反攻陇西，很容易便拿下陇西。
汉军与隗嚣作战期间，公孙述趁虚而入杀入湖北。巴蜀军队顺江而下击败汉军的层层关卡，占据了荆门（湖北宜昌长江西岸）。
光武帝摆平陇西之后立即调转枪口去打巴蜀。汉军为打巴蜀特意建造了数千艘楼船。楼船类似装甲运兵船，只露船桨不露人。汉军坐着楼船逆江而上杀入巴蜀。沿途的巴蜀守军对汉军的楼船束手无策。他们的弓箭伤不到汉军。而汉军却可以站在楼船上向他们射箭。巴蜀修造浮桥拦截楼船。汉军发动火攻烧毁浮桥继续前进。
汉军长驱直入杀到江州（重庆）。重庆一时难以攻克，汉