先后在江西和广东向清军发起了猛攻，迫使清廷不得不将主要兵力抽调回去对付二人，桂林方才解了燃眉之急。然而好景不长，当清军很快镇压了金、李二人的起义后，定南王孔有德再次挥师广西。当瞿式耜正在竭力筹措粮饷，准备积极迎战之际，不料桂林城中以及周边守将及其大小官员一个个先后望风而逃，所带部队部用来保护自己的家属逃窜，瞿公见状气得捶胸顿足道：“朝廷用厚禄供你们，百姓用膏血养你们，难道就是为了今天的逃窜吗？”
当孔有德前锋逼近桂林时，城中再也无可用之兵。瞿公绝望之中，早已下了与桂林城共存亡的决心，所以见状倒也并不惊惶，从容将家属作了妥善安排，将邵夫人和冷霜飞一家安置在城外乡下的冷霜飞母亲娘家，然后不顾家人的劝阻，毅然只身返回桂林，独坐署衙饮酒吟诗。却有那门生兼好友张同敞，本是万历年间名相张居正之孙，其时任职广西总督，于黄昏时自灵川来，隔江望见城中光景，估计已为空城。同敞深知瞿公为人，知其必会留守城中不去，于是自漓江东岸泅水入城，赶至留守衙门，果见老师在此，便对他说道，“形势这么危急，老师为甚么还不走？”瞿公答道：“我是本城留守，城存与存，城亡与亡，今为国家而死，倒也死得其所。”然后反问