。船上所有神盾局特工一起战胜了九头蛇，夺回LLIAD。该小组以冈萨雷斯为核心，开始重建神盾局。
—九头蛇成员史崔克策反史密斯特工，偷到心灵权杖转移到Sokovia，开始制造武器。与此同时，他也和李斯特博士一起开始收集Inhuman。专心从事研究工作的史崔克迎来一对神奇的姐弟（女巫与快银）自愿作为史崔克的试验品。
—之前一直伪装成千里眼的加勒特被Coulson团队识破诡计，在汉德的帮助下活捉加勒特并由汉德带走关押。
—加勒特的门徒沃德杀死汉德，并协助恩师加勒特开始大肆攻占神盾局基地，抢夺各种物品。
—Coulson在军方与Fury的帮助下杀死加勒特，除去九头蛇重要一支力量。
—Fury给了Coulson一个Toolbox，并安排他担任神盾局新任局长，重建神盾局。
—重建过程中，Fury的团队补充了兰斯亨特，芭比莫尔斯以及麦克。芭比最初被安排在九头蛇进行卧底，在西蒙斯卧底被发现后，芭比将她救出。
—Coulson瞒住众人秘密和Sam见面，Sam将Fury全新的计划ThetaProtocol告知