立长子朱常洛为太子。
万历二十九年十月，神宗皇帝终于下旨立长子朱常洛为太子，封三子朱常洵为福王，封五子朱常浩为瑞王，封六子朱常润为惠王，封七子朱常瀛为桂王，至此，国本之争才算落下帷幕。
但此事并没有完，万历三十一年，谣言四起，说万历皇帝想要换太子，矛头指向郑皇贵妃，结果逼得万历皇帝株连、逮捕了很多人。
到了万历四十一年，又有传言，说郑皇贵妃以及福王想要谋害皇太子朱常洛。万历皇帝让福王就藩，但被郑贵妃暗中阻止了。
万历四十三年的一场有关太子朱常洛被刺杀事件又激起轩然大波。这就是原本历史上有名的明末三大奇案之一的梃击案。
梃击案的经过是这样的：
万历四十三年，一名壮汉手持木棒竟然闯入了戒备森严的太子的居所——慈庆宫，打伤了守门太监，太子内侍韩本用闻讯赶到，在前殿活捉了该壮汉。
那壮汉被审时，供认自己叫张差，蓟州井儿峪人，并说他之所以能混进宫，是郑贵妃手下太监庞保、刘成两人把他接引进宫的。
据张差交代，那日他赌钱输了，遇到一位太监，那太监承诺他三十亩地，并包他脱身，要张差按他的要求