中和华南沿海地区海盗、倭寇活动濒繁，一夕数惊。他认真分析了情况，认为这只是个开始，杨梦龙绝不是那种打掉门牙往肚里咽的乖宝宝，吃了这么大的亏肯定要报复的，这两条龙打起来，沿海地区想不乱都不可能了。不久之后一小股倭寇在吴淞口登陆，砍了十几个人，抢走不少财物，进一步证实了他的判断，见官兵烂得跟陀屎一样，实在指望不上，他只好四处游说华亭县的富商筹钱买一些武器装备办团练，以防万一，而那些富商也颇为惜命，虽然不大情愿，但官兵真的指望不上，他们也只好忍痛掏钱，购买大量长矛、弓弩和火药，组织了一支上千人的民兵交给阎应元操练。事实证明，他们作出了一生中最正确的选择，这支民兵组建后不到两个月，倭寇便大举入侵了，而官兵也正如大家所预料的那样一击即溃，倭寇直奔华亭而来。于是，阎应元只好硬着头皮率领这帮连个正步都走不利索的民兵出战————华亭城墙又低又矮，守肯定是守不住的，只能主动出击。
出人意料的是，这么一支一见到敌人就两腿直哆嗦的部队居然在他的指挥之下超水平发挥，跟倭寇打了整整一夜，斗了个旗鼓相当！这固然有民兵为了保住自己的家园舍命死战，超水平发挥的因素，但他巧妙的指挥也是至关重要的。