朱厚照最终同意了成国公朱辅的建议，制定了惩治标准。
朱辅就按照这个标准，在南京五军都督府开展了轰轰烈烈的整改运动。
亲军卫和南京五军都督府各卫所这边正如火如荼地整改。王鸿儒、王承裕和李昆也都陆续完成了松江府、常州府和镇江府的冗员清查。
这三府也按照苏州府的模式，开始了修堤筑坝工作。毕竟马上就要进入雨季，先把已经耕种的农田保住，再进行人口清查、土地丈量也不迟。
此时，镇江府的长江大堤已经修筑大半。府内除了运河，就是几条河流堤坝的修缮，工作量并不大。因此，李昆在请示朱厚照，经朱厚照同意后，就开始了清查人口、丈量土地。
常州府和松江府的修堤筑坝的工作量就要大很多了。因为除了长江大堤、运河以及府内河流之外，常州府还涉及石臼湖至太湖一线的大堤攻城。
而松江府地处沿海地区，防台风、防海浪工作责任重大。除了这些，朱厚照还命王鸿儒在松江府的上海县建造一座深水港。为下一步的船队驻扎做准备。
截止目前，朱厚照在应天府、苏州府、松江府、常州府和镇江府进行了一些卓有成效的改革。无论是府衙、军队，还是杂交水