朝内外也倾心于李世民，心中一直不安。他认为只有除掉李世民这个隐患才能坐稳太子位。
三弟李元吉跟他关系亲密。他与李元吉密谋，打算动用军队发动叛乱杀掉李世民。
624年的夏天，唐高祖带着李世民、李元吉去仁智宫避暑，留李建成看家。
仁智宫在长安城北三百里的玉华山。仁智宫“一月而成”。可以想象，防守不会非常坚固。
李建成认为机会来了，调他的亲信、庆州（甘肃庆阳）总管杨文干率军奇袭仁智宫。
但是李建成派去给杨文干送信的人把信送到仁智宫，向唐高祖告发了李建成。
唐高祖大怒，传召李建成来仁智宫见驾。李建成一到仁智宫就被唐高祖扣押起来。唐高祖随后派人去抓杨文干。但是去抓杨文干的人跟杨文干一起反了，率军杀奔玉华山，要杀了李世民，营救李建成。
唐高祖得到消息立即下山躲避，让李世民率兵去战杨文干。
杨文干攻陷宁州（甘肃庆阳宁县）。李世民率军杀至宁州。杨文干的将士一看李世民来了，根本不敢跟李世民交手，四散而逃。杨文干也想跑，被手下砍下脑袋拿去将功赎罪。叛乱很快被平息。
唐高祖在李世民出