他的部下提醒他要当心刘裕。他老婆劝他趁早料理了刘裕。既然是人杰，肯定不甘人下。留着终归是祸患。
桓玄爱才，说：来日我要北伐中原，还指望着刘裕呢。
不过桓玄也留着一手。有仗要打，他才把兵权交给刘裕。打完仗就收回去。
刘裕在击破卢循后被任命为彭城内史。桓玄明升暗降夺了刘裕的兵权。刘裕的部队现在被桓玄的亲信所控制。刘裕要起兵讨伐桓玄，必须首先设法夺回军队。
他扬言打猎，召集了百十号亲信，假冒朝廷使者进入京口（江苏镇江），混进官府杀了桓玄的亲信，收回了他的两千老兵。
随即刘裕发布檄文起兵勤王，带着两千将士杀向建康。
桓玄先后派去两支军拦截都被刘裕杀败。刘裕亲自挥刀上阵锐不可当。
刘裕率军逼近建康。
桓玄亲率两万军队列开阵势准备厮杀。
面对十倍于己的桓军，刘裕派出疑兵遍插旗帜。桓玄看见漫山遍野是刘家军的旗帜，以为刘裕兵势强盛，心下先怯。他让别人指挥作战，自己备下船只收拾细软准备逃跑。桓玄手下看到桓玄已经准备溜了都没了斗志。
刘裕跟他的两千将士饱餐战饭后砸锅弃