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洪武二十八年，邵云随郭钥、常升修筑直沽城。洪武二十九年，直沽城建成，常升奉命回京，郭钥接任直沽中卫指挥使，当时邵云和谭远都是试千户。靖难兵起，郭钥接到忠贞侯宋忠卫士长匡毅的传信后，立刻派人将消息传往京师，同时令邵云、谭远等人驾船北上，将通州以下的民船、官船部开往直沽，断绝了燕军沿河东下之路，也绝了燕军使用运河的可能，导致建文二年燕军不得不使出掘开运河这种两败俱伤的做法。
郭钥因此功擢升直沽总兵，建文二年，朝廷重设北平都司，任命郭钥为佥事。而邵云、谭远逐步擢升为天津左右卫佥事。这两年直沽虽然没有大的战事，但在通州之战前，燕军还是会经常派人来骚扰，偷袭、抢船、烧船都是家常便饭，在日积月累的战斗中，二人也迅速成长起来，其对火绳枪、步兵、虎蹲炮的使用和训练都有独到之处，谭远还对火绳枪、虎蹲炮提出了一些改进，受到了朝廷的嘉奖。
邵云已经离开直沽数日，他当然不会知道上司郭钥和同事谭远在直沽城头的谈话，也不知道谭远在为他担心，他甚至没有意识到此行的凶险，很奇怪的是，也没有任何人提醒他，至于谭远，限于见识，等知道之后就已经晚了。