，终于伏法，远近大快。史上说，李三才”以折税监得民心”。两淮地区发生灾荒时，他经报请朝廷获准，对灾民加以赈济，还免除了应纳的”马价”一种苛税的名目，因此李三才的言行赢得了民心和朝野正直人士的赞扬，声望日隆，有可能被推举进入内阁。齐、楚、浙党一派官员生怕李三才入阁会对自己不利，就连连上疏攻击李三才奸诈贪横。顾宪成等东林党人则驳斥这些谰言，于是双方又发生了一场笔墨官司。由于一再受到攻讦，万历三十九年初三月，李三才不得已自动辞职。这就是当时喧闹得不可开交的李三才入阁事件。
万历四十八年，明神宗死去，朝廷宣布撤掉一切矿监、税使，过去因反对矿监、税使而被处分的官员也酌量起用。至此，反对矿、税之弊的斗争以取得一定程度的胜利而告一段落。由于东林党人开放言路指责朝政，触动熹宗时专权的大太监魏忠贤，魏忠贤开馆纂修《三朝要典》，在霍维华的基础上纂辑万历、泰昌、天启三朝有关梃击案、红丸案、移宫案三大案的档案资料，打击东林党，同时造编《东林点将录》等文件上报朝廷，天启五年，明熹宗下诏，烧毁全国院。次年，东林院被拆毁。东林党人也遭到打击，杨涟、左光斗等许多著名的东林党人都遭到杀害。当时，以“萨英”