在徐州失守后，国民政府军事委员会为增强指挥机构与作战能力，决定调整作战序列，于1938年6月中旬新编第9战区，同时决定以第5、第9两个战区所属部队保卫武汉。
参加武汉保卫战的部队以及空军、海军，总计14个集团军、50个军，作战飞机约200架，舰艇30余艘，总兵力近110万人。
各兵团部队自6月开始分别利用鄱阳湖、大别山脉等天然屏障，组织防御，保卫武汉。
另外，苏联援华志愿航空队参加了这次会战。
7月1日，日本陆海空军猛攻九江门户湖口，刘雨卿的第二十六师奉命死守，经过几天激战，波田支队施放大量毒气，突破了守军阵地，湖口失守。
7月5日，畑俊六收到日军大本营关于武汉作战的具体指示，明确了主攻方向是长江两岸，而不是江北的大别山南麓或北麓，主攻部队为冈村宁次的第十一军，下辖五个师团和五个支队。
日军的这个计划，使蒋委员长在武汉会战初期对日军主攻方向做出的判断落空了。
蒋委员长的依据是，日军在攻打南京时没有选择从长江两岸进军，而裕仁这一次偏偏就把长江两岸选定为主攻方向。
日军冈