叶长庚没有急于求成，立刻发兵去攻打南汉。而是着力经营已经占下来的地盘。南唐国主虽然降了，但还有一些地方势力在负隅顽抗。
星星之火，可以燎原，南唐地区的百姓，对于大周是很抗拒和排斥的，必须先把内政巩固了，才能继续向南用兵。
对于这些反对势力，叶长庚下令，进行区别对待，分而化之。
凡是地方的大宗族起来造反，一律连根拔起，家族的主要成员和十五岁以上男子部杀头，十五岁以下男子充军，女眷部没入贱籍。这些家族的田地、财产，以半价发售给当地次一等的宗族，以此拉拢本地的地方势力。
对那些小股的军事力量，主要以招降为主，剿灭为辅，尽量不让这些人成为危害巨大的流寇。
叶长庚又颁布圣旨，宣布明年开科取士，加大对于江南文人的笼络，收买人心。
多种措施配套，果然很快就将沸沸扬扬的江南地区稳定下来。
隆兴四年十二月二十日，钱俶亲自入朝，上表，愿意纳土归降。叶长庚对其大加褒扬，当即接受了吴越的版籍，仍命钱俶治理吴越地区，并封他为吴越国王。
隆兴五年四月，攻取江南和巴蜀的禁军，被分批调回京城，叶长庚