一时间便没有了主见，随后，噶尔丹逃回军营，当天晚上，他就丢下帐篷辎重等，率领部众向西逃去了。
次日清晨，清军前来决战，只见噶尔丹的大营已空无一人。康熙得知噶尔丹逃走，立即派人通知西路军费扬古火速设伏阻击噶尔丹。康熙自己又率前锋追击了三日，至拖诺山才返回。当准噶尔军退至特勒尔济时，仅剩万余人。
5月13日，西路清军在昭莫多山下设伏，噶尔丹仅剩的万余骑兵全部出动，被居高临下的清军一番攻击，费扬古又令清军一部迂回冲锋，一部突袭其后阵，山顶的清军亦乘势冲下，上下夹攻，准噶尔军大部被歼，噶尔丹之妻阿努可敦也被击毙。最后，噶尔丹只带了几十个亲信逃走。
“报！”
一匹快马向着御帐飞驰而来，到了御帐门口便飞身下马，跪在御帐门口，双手举着捷报，大声唱到，“西路军大败葛尔丹，葛尔丹仅带领十余人亲信逃走。”
康熙在御帐内便听到了，他也十分高兴，虽然葛尔丹逃走了，还是有些遗憾，但是这次出征却还是很成功的。
因此，康熙命人在昭莫多山上树立石碑，记述了此次亲征噶尔丹的事情。
第三次亲征葛尔丹就在次年，要知道当年金朝就