小智等人没想到他们又卷入了一场大危机中！
明明只是因为没有赶上一周一趟的长途汽车而被困在了清澈崖下，却因为火箭队的原因皮卡丘被抓走，紧接着又出现了新的火箭队的精英成员！
那个黄头发的漂亮女性隐藏在他们之中，没想到居然是火箭队的人！
朵米诺！
比起武藏小次郎喵喵更专业的，邪恶组织成员！
然后，小智等人就被打飞到了湖的边缘。
火箭队三人组则带着皮卡丘飞到了湖中心的小岛上！
小智无法冷静，必须要去拯救皮卡丘！
就在这时……
周围，无数战斗运输机从清澈崖的四面八方飞了起来，冲向清澈崖内部。
那火箭队等人和皮卡丘所在的小岛上！
……
“我必须去救皮卡丘！”小智说道。
他看向那湖中心的小岛。
他知道，皮卡丘就在那里！
他必须去！
“可是，我们要怎么过去呢？”小霞看着这超大的湖泊，有些为难。
她自然而然地开始为小智考虑了。
调查清澈崖环境，住在