虽然《超神学院》有着重度科学幻想的元素，但是，仍然坚持以霍金宇宙为纲，也就是目前人类认知的宇宙观为主，而不介入其他科幻作品的世界观，比如多维世界等。也就是说，时间线是不可逆的，主生物文明皆生活在同一个维度。而宇宙则被视为一个巨大的星系树，树状结构下，各个文明坐落在不同的星系。
主生物文明：
也就是在同一个维度互相认知理解的文明，地球属于主生物文明。
在这个层面上，设定了最高阶层的文明为3个：神河文明、天使文明、和暗世界。
在这个设定上，最高文明可以跨越巨大星系，并对整个宇宙星系树有非常直观的掌握，可以通过最高科技互相穿越；拥有最高的永恒能源系统，即恒星能源，以及诸多如反物质能源、暗能量等，并且开启了生命的永恒时代。显然，单纯的星球、行星，已经无法捆绑这样的文明，他们的生活方式以及存在方式，都属于星云级别。
也就是说，他们的世界属于：神河星云、天使星云、黑暗星云。
此后，天使星云的高阶天使莫甘娜叛逃，并建立了与天使星云相当的恶魔星云。
次生物文明：
未被主生物定义甚至发