登基前两日在乾清宫的闭门会议,大部分的时候君臣都有商有量。在各有退让的友好的气氛中，就朝廷未来走向基本达成了一致的意见。
分歧在登基诏书的是否要有“大赦天下”。
有了朱由校前天拿登基大典作交换、又有今天假装不知道礼部对典礼又加了一点小改变,很配合地不提的意见等举动，让孙如游感觉到自己明白了新帝的心意：他可以配合臣子行动，但合作是要有足够的交换条件的。
朱由校与内阁首辅就大赦天下之事，顶牛了。
朱由校态度坚决,“不赦。”
方从哲劝道：“陛下,历朝历代皇帝登基诏书颁布天下的时候，都要大赦天下的，以示普天同庆的。”
“被判刑罚的、和关进监狱待审的人,是罪有应得。因为朕的登基，做错事的恶人反而可以逃脱了惩罚，怎么对得起被损害利益的人。且先帝一月前就已经大赦了一次，放了一批轻罪的,也给重罪的减刑的。还赦？不行。”
方从哲劝不转新君，转而向孙如游求救。孙如游因为新君同意了去寿皇殿叩?神宗和光宗的部分,这时候开始装死,假装看不见方从哲。
方从哲无法，直接点名问刑部尚