同时，刘裕创立典签制，加强对出镇宗室和地方的控制。随后刘骏委任有真才实学的寒门士人担任州镇典签，负责传递州镇各项要务上报给中央审核，同时负责监督、传达中央命令和辅助地方州镇长官处理事务，并拥有随时将情况直接报告朝廷的权力，州镇起兵反抗朝廷的可能性大大削弱。从此，寒人掌机要、武夫掌兵权、典签控州镇成为南朝政治的惯例。
在行政区划上，刘骏在改置州镇的同时，还设立了王畿制度。刘骏一共分出扬州六郡和南徐州的南琅邪郡共七郡设置王畿。并将王畿作为中央派机构直接负责管辖的区域，高于畿外诸州的地位。刘骏同时实行王畿制度与分割监察地方州镇的政策，试图在制度与实际两个层面完成建立以一个中央王畿为核心控御四方的国家形态。
在整顿吏治方面，刘骏创立御史中丞专道制度，提高御史监察的地位，加强对吏治的整顿。
刘骏也对除边镇以外的地方兵权进行限制，大明七年，刘骏诏曰：“自今刺史守宰，动民兴军，皆须手诏施行。唯边隅外警，及奸衅内发，变起仓卒者，不从此例”。同时，革除地方封君下属对封君称臣之制，进一步削弱地方封君的权力。
经济上，刘骏即位后，多次下诏劝课农