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刘裕肯定不能坐以待毙，他也暗中联络北府兵旧部，等待时机反抗桓玄。
过完新年，刘裕借打猎的名义，召集了一千多名北府兵，在京口起义。然后，刘毅、何无忌纷纷响应起义，并推举刘裕为盟主。
桓玄是一个很自负的人，谁起义都不放在眼里，但一听说是刘裕那群人造反他就慌了。
大臣说道：陛下，刘裕他们力量弱小，有什么好怕的？
桓玄说道：“朕认为刘裕足为一世之雄，刘毅家无儋石之储，摴蒱一掷百万，何无忌，刘牢之之外甥，酷似其舅，共举大事，何谓无成。”意思是，这三个人都不是好惹的，碰到一起基本无敌。
刘裕大军果然屡战屡胜，桓玄被打到弃城而逃，最后被杀。
接下来，晋低复位，刘裕逐渐执掌大权，并开启打天打地打空气模式。
解决完桓氏家族的扫尾工作后，刘裕派使臣到后秦，要求后秦把之前趁乱打劫的领土还回来。
后秦那边，军力正牵制在别处，不敢和东晋打起来，就爽快地把十二郡都还给了东晋。
没过几年，南燕皇帝慕容超在东晋边境抢劫。刘裕怒道：某还没出手北攻，你就先动手了！