次，这座皇城并不是重庆府城的一部分，而是一座独立的城堡。
皇城的东、西两道城墙是在原来的重庆府城城墙基础上加固而成的，依着长江、嘉陵江修建，而南面的城墙则是新建的，用来隔离皇城的重庆府城。这道城墙的长度约两里，是由砖石和夯土共同构成的。靠外侧一面呈斜面，高度只有两丈出头，但是非常厚实，足以抵抗重炮轰击。
朝天宫皇城南墙之外，则是一道宽三丈，深两丈的壕沟，壕沟的底部插满了削尖的木桩，只有一座木桥跨过壕沟，连接着皇城和府城。
除了三道城墙和一道壕沟之外，朝天宫皇城的三个角上，还各修建了一座实心炮台。其中的西南、东南两座炮台还向南突出成三角形，架设在上面的火炮，可以对从南面进攻朝天宫皇城的敌人形成可怕的交叉火力！
第三，朝天宫皇城以南的重庆府城也进行了大规模的改造，原本人口众多，建筑物密集的城市已经不存在了。坚决执行重农抑商国策的大顺朝不需要一个商业繁荣的首都，大顺皇帝李过需要的是一座便于管理的“市坊制”首都。
整个重庆府城被分割成了十八个坊，每个坊都是一座用高墙圈起来的小城，每个坊都有东南西北四门，都有负责重庆府防卫和治