官称军学司使，同样由左右军师中的一人兼任，现任的军学司使是左军师李岩。
海军司是管海军（水军）的，海军司使是黄斌卿，目前归其管辖的仍旧只有长江水师......真正的海军可不是说建就能建起来的，必须有一个积累水手和发展造船业的过程——而且水手和造船业往往又和海洋贸易的中心港口挂钩，只有在中心港口，水手和船厂才会大量聚集。
在眼下的南明，能够称为“中心港口”城市只有广州、泉州和正在蓬勃发展中的上海。
其中上海虽然发展很快，但是底蕴终究不足，没有个十年二十年的，也很难替代广州、泉州成为天下第一港。
而广州、泉州又处于南明皇权控制能力的边缘......也不是说掌控就能掌控的！
泉州姓了郑，就不必多说了。广府的情况也好不到哪儿去，虽然曹友义已经带着二三十万“讨饭团”去广府安家，还在人烟稀少的“港深”一带筑城开垦，但是他们的到来，最多也就是震慑一下广府、肇庆、惠州一带的土客豪族，连潮汕那边都不大买账，活跃在广东沿海一带的海商、海贼就更不受控制了......
右通政司管的是军邮，也就是信息、命令的传递。现任的司使是恭