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另外，大元帅府下还有一个右通政司，管辖的是军事体系内的命令、军报和文书传递。
由六部之中的兵部现在是由大元帅府和内阁府双重管辖的部，所以和兵部有关的诏令、奏章和行文，也都由右通政传递。
钱业司则是一个类似银监会和中央银行的衙门，负责监管银行业和钱币铸造。其中钱币铸造又分为官铸和官督商铸两种，前者由钱业司自营的铸钱厂负责铸造。后者则授权给海商银行、盐商银行铸造，但是只限银元，不能私铸铜钱。
条例司则是一个筹划国家经济，改变旧法，制定新法的机构。类似宋朝的制置三司条例司。但是条例司本身不具备颁布法令的权力，所有民政方面的法令，必须以令旨加内阁府会联署的形式发布。而涉及军事的法令，则视情况（是否涉及民政），以令旨加大元帅府联署，或令旨加内阁、大元帅府双重联署的形式发布。
譬如设立江都武汉府，并同时撤销凤阳府中都地位的令旨，就因为涉及军事民政，所以就有两府联署并且发布。
从崇祯十九年六月中旬开始，大明的南北二京（或者是南中北三京），就正式变成了东西二都了。
虽然在许多立志恢复的仁人志士们看来，