司管辖，或是由大元帅府的军屯卫直辖。
不过朱慈烺的朝廷现在并没有把南直隶、浙江、江西地面上所有的军田、官田、隐田都归于屯田指挥使之下，只是将抄没南京勋贵、勋臣所得的土地，扣除放赏给克难功臣的土地后剩余的两千多万亩，加上凤阳府、淮安府、扬州府、汝宁府的未授出的军屯、官田和查出的隐田，全部归入了屯田指挥使管理，总数也就是3000多万亩。
而中都留守司直辖的八卫一所的土地，则被授予了从凤阳府本地招募来的17000壮丁。有了这17000授田壮丁，中都留守司也就有了一定的兵力。
另外，中都留守司和汝宁的唐王府，还替朱慈烺招募了总共30000丁壮，也会陆续开到南京，加入克难新军。
等到这30000人加入克难新军的陆师后，朱慈烺就又能对克难新军进行新一轮的扩充，如果郑芝龙还能提供足够的火铳，那么朱大太子在东南的统治就基本稳定了。
不过即便有了十万以上的兵力，朱慈烺在短期内也没有反攻燕云的实力。毕竟这些部队只是凑够了人头，装备能不能凑齐还难说，组织和训练什么的，还差得远呢！连汤若望在濠澳替朱慈烺找的西洋教官团都没凑齐呢！