时间像是白驹过隙一般飞逝而过，鸣人和佐助已经十二岁了，该从忍者学校毕业了，这几年的时间对佐助来说犹如地狱一般。
鼬带来的影响并没有因为时间过去而变淡，那些仇视他的宇智波孩子们一个打不过他，就两个，两个打不过就三个，到后来人越来越多，鸣人虽然和佐助互相看不顺眼，但是他每次都站在佐助的身边，所以两人每天都是鼻青脸肿的回家。
不过两人的实力也在稳步提升，这算是唯一的好处了。
在忍者学校还是如原作一般，除了宇智波的族人之外，其他的孩子对佐助并没有仇视，那些女孩子也是围着佐助转，鸣人还是一如既往地不被大家接受。
雏田随便有了些改变，但是还是不敢面对鸣人，每一次面对鸣人都有种要昏倒的冲动，而鸣人喜欢着小樱，小樱喜欢着佐助，关系混乱得很。
鸣人比较可悲的三次没有通过毕业考试，还是被水木给利用了，但是他也学会了伴随他称霸忍界最牛的两种忍术之一，多重影分身之术，拜此所赐，也总算是可以毕业了。
在罗根看来，鸣人可以说是势利最匮乏的主角了，从掌握了影分身之术和螺旋丸之后，从头到尾就只使用这两种忍术了。