转眼间宇智波斑死去已经一年了，在这一年里发生了不少事，雨忍村首领山椒鱼半藏失踪了，晓组织莫名改变了策略，开始招收各村的叛忍接手黑市生意。
宇智波族长宇智波富岳的二儿子宇智波佐助即将出生了，旋涡玖辛奈也将于十月待产，未来改变忍界的两个少年即将登上历史的舞台。
旗木卡卡西也开始在忍界崭露锋芒，拷贝忍者卡卡西的威名让无数敌对忍村闻名丧胆，与瞬身止水两人成为了木叶新一代的领军人物。
卡卡西和止水因为罗根的训练和改造，实力大胜原作，尤其是卡卡西，写轮眼已经无法对他造成拖累，整体实力大幅度提升。
木叶三忍中的一点红带着两个少年离开了木叶，开始了游历，其中一个少年正是绳树，毕竟他现阶段不适合在木叶露面，所以纲手就带着他离开了木叶，在忍界闯荡。
大蛇丸也因为团藏的背叛，导致人体试验泄露，不得已叛逃木叶，虽然自来也全力追捕，但还是被大蛇丸给逃脱了。
虽然大蛇丸的人体试验对象不是木叶的人，但是人体试验太过残忍，终归还是不被人接受的，无奈之下大蛇丸只能离开木叶，不过在离开之前，还是来找过罗根，从罗根手里弄走一些长生液