卡普没待多久就离开了水之都，他带来的让人惊骇的消息，让草帽海贼团意识到了世界政府的恐怖，在接下来的航行中，他们也变得小心翼翼，路飞虽然很快就恢复了本性，但是偶尔也会陷入发呆之中，草帽一伙明白，路飞这是担心罗根，但是他们也没办法，毕竟强如罗根也只能屈服，现在连海军大将都敌不过的他们什么也做不了，不过路飞很快就投入了接下来的航行，其他的事情都被他抛到了脑后。
司法岛事件后，路飞的赏金升至3亿贝里。因为当地的弗兰奇因司法岛事件被悬赏，在弗兰奇小弟的计划下，路飞成功将弗兰奇拉入了草帽海贼团。同时万里阳光号也在该事件后诞生。最后，乌索普在真心道歉后被路飞再次拉回船上。
路飞一伙人和呆在“幽灵船”的布鲁克相遇，路飞立刻邀请布鲁克成为伙伴，两人非常合得来，路飞还同意帮他夺回影子。在幽灵岛，路飞的影子被月光莫利亚夺走并放入魔人奥兹体内，之后路飞与岛上被夺走影子的人群相遇，大家将众多影子装在路飞体内创造了梦魇路飞。梦魇路飞将奥兹重创后，路飞变回普通形态与草帽海贼团的大伙一同打败了奥兹和莫利亚。
大战后路飞筋疲力尽陷入昏迷，巴索罗米熊打算取下路飞首级，最终