和第八师。
以黔军为骨干，吸纳明军及广宁军、关宁军士兵，扩编为第五军，又称腾蛇军，继承腾蛇营军旗，以熊兆琏为军长。下辖两个师分别为第九师和第十师。
按照规划，第一军完成对安南的征伐后，将第一师驻守福建，第二师驻守广州，军部设在福建，协同地方部队主要负责东南沿海诸省及江西等地的安防务和作战任务。
第二军则将驻守西北，协同地方部队主要负责西北方向的安防务和作战任务。
第三军结束辽东战事后，将驻守辽东，协同地方部队主要负责东北方的安防务和作战任务。
第四军第七师驻守京城，第八师驻守淮南，军部设在北京，协同地方部队主要负责中原、京师、山东、河北、江南的安防务和作战任务。
第五军在完成对东吁的讨伐后，第九师将驻守贵州、第十师将驻守云南，协同地方部队主要负责西南方向的安防务和作战任务。
此外，在京城、贵州、福建设三处新兵训练基地，以后部队的兵员将都由这三处新兵训练基地提供。部队不得私自招收兵员。
在此基础上，在北京设立参谋总部，由董宣武负责，负责拟定各种战略预案。并下设大明高级军官学院，