天启七年十二月，经都察院、刑部、大理寺三司会审，厘清袁崇焕等人的罪行，经过公审，袁崇焕叛国罪、欺君罪、擅杀功臣罪、勾结叛逆罪……等十八项罪名成立，被判斩首之刑，株连九族，查抄所有家财。
大明崇祯皇帝仁慈，听从了董宣武的建议，赦免了袁崇焕九族诛杀之刑，改轻判为发配琼州（海南岛），遇赦不赦，但对袁崇焕本人，崇祯皇帝恨之入骨，非但没有减刑，反而御笔钦定，改斩首之刑为凌迟处死。
崇祯元年秋，袁崇焕等一干人犯在菜市口被正法，其时万人空巷，轰动一时，京城百姓纷纷赶来观看，袁崇焕三天被凌迟了三千多刀，不少百姓出重金，求购袁崇焕被剐下来的肉丝，只为生啖之以泄心头之恨。
祖大寿弃暗投明后，崇祯皇帝下旨赦免其之前的一切罪行，不再追究，但因为他有起义、抓捕袁崇焕等大功，经朝廷议功后，仍任命他为总兵，调往应天府养起来，不再委以重任，虽郁郁不得志，但终得善终，老死江宁。
关宁军的其他将领，除了几个不开眼的，横行惯了，到了应天府后依然横行霸道，贪赃枉法，被董宣武找到机会，趁机严惩，诛杀之，其他将领结果大多跟祖大寿差不多，后半生活得小心翼翼，不敢有半点