，再保留东江镇已经没有什么意义，于是下令撤销东江镇，将东江镇的军民转移到登州。
没想到这么一来造成了大乱，去年七月中，孔有德、耿仲明、毛承禄三人因不满登莱官员对原东江镇将士的欺压，居然谋逆造反，攻下了登州。
朝廷立刻调集兵马镇压围剿，围剿队伍中就原东江水师。
孔有德、耿仲明、毛承禄三人不敌，八月中，登州被攻破，除毛承禄被擒后被凌迟处死，孔有德、耿仲明两人则率军从海路逃走。
谁知在半路伤遇到了尚可喜所率领的水军，孔有德、耿仲明两人打陆战还不错，但水战完全不是尚可喜的对手，被打得大败而逃。
尚可喜也是求功心切，又加之以前他与孔有德、耿仲明两人有些矛盾，一路上穷追猛打，不肯放过两人。
两人一直逃到了辽河以西女真人的地盘，此登陆。尚可喜也追到了哪里，也率众登陆。可是在海上孔有德、耿仲明两人加起来也不是尚可喜的对手，可到了陆地上，尚可喜那点本事就不够看了，被孔有德、耿仲明两人打得丢光盔卸甲，落荒而逃，一直逃到了辽河以东，祖大弼的地盘。而孔有德、耿仲明走投无路，于是就投靠了皇太极。
祖大弼是关宁军出身