神佛体系上层建筑，至于其他中层和底层设定，基本还是按照原来民间习惯中的来，没有做太大改变。
实际上真正董宣武关注的中心，就是那两条前提、那卷说天经书和那卷说人经书的五大原则和，其他的东西，是他准备用来糊弄人的。这帮人准备怎么编故事，他根本不在意。
至于现实的组织形式，董宣武曾在之前就建议过可考虑采用西方教廷的管理模式。
经过道家张三丰、道虚道长等人对大明境内天主教堂的考察，认为那一套的确可供借鉴，决心引入到新教中来，其中就包括忏悔机制。儒、释、道三家将各推举六人成为教廷大长老，再从中投票选出一人为教主，毫无疑问，首任教主一定是张三丰了，没人抢得过他。
不过相对与西方的教廷，新组建教廷的权利要小许多。仅限于协调新教内部事务和对教义做出权威解释。这也难怪，儒、释、道三家相互牵扯，新教教廷实际上是一个很松散的联盟，就跟武侠中的武林盟主一般，不可能掌握很大权力，无论是对内还是对外。
这其中似乎没有五行卫和董宣武什么事，其实不然，董三已经与儒、释、道三家商量好，新教内还要设置一个宗教裁判所，以确定日后信徒的信仰是否纯洁，行为举