科学院讲学的地方暂设于崇祯朝国子监内，不过如今的国子监已经更名为“京师大学堂”，在这儿读书的大多数是原来长沙大学堂的学生，也有一部分是今年科考收录的“贡士”。
和京师大学堂一门之隔的就是以前孔庙所在，不过如今的“孔庙”已经不叫孔庙，而是叫作“文庙”。
最开始的时候，有人提出了拆除孔庙的建议，认为大兴军无论得国还是治国，都与孔子代表的“儒家”没有多大关系，而且孔子的直系后人——前明崇祯朝衍圣公孔胤植屈膝降清，在文人士子中起了非常坏的带头作用，因此他们坚决反对尊孔崇儒，要求汉王下令拆除孔庙。
但反对者则认为孔庙是整个中华文化的象征，而不单单是孔家一家的事情，若是拆除了孔庙，中华礼仪之邦更是没了信仰。
众大臣经过了几日辩论，却仍然谁也说服不了谁，但提出拆除者的明显占了上风，因为他们的理由更为充足——孔子后人奴颜媚骨，没有气节，不能代表中华礼仪文化。
自汉唐以来，孔子的嫡系后裔一直受朝廷封赏不断，直至宋朝封孔子后人为世袭罔替的“衍圣公”，并出资修建了规模仅次于皇宫的曲阜孔府之后，孔家才确立起了“中华第一家”的地位。