下定决心，用最严厉的手段来镇压天主教。
禁教从秀吉开始持续了近五十年，终于到了最为严酷的时候，从宽永十年至宽永十六年，德川家光连续五次颁布“锁国令”，从禁止倭人出海，到禁止一切倭船出海，然后搜捕杀死外籍传教士，乃至收养葡、西人所生的混血子女者也一律处死。
“岛原之乱”后幕府下达最后一次锁国令，除中、荷两国外面禁止外船来倭并切断一切同外国教会的联系。
就连中、荷两国的商船，也严格限制了人数和贸易地点，只能在长崎进行交易，其他港口部封闭。这样做的目的一方面是防止西方传教士混入倭国，另一方面也是控制各地大名不让他们参与贸易，否则大名们通过贸易强大起来，对幕府将是一个极大的威胁。
荷兰人能够和中国商人一样获得这一特权，是因为他们只专注于贸易并不热衷于传教，而且时不时向幕府诋毁葡、西两国借天主教图谋不轨，借助倭国幕府的力量来打击两国。
此时中国最大的海商郑氏因受到大兴军毁灭性的打击而丧失了远洋贸易能力，荷兰人趁机抢占了倭国的市场，而且还垄断了中国和南洋、欧洲各国的贸易，绝大多数销往南洋欧洲的货物都要通过大员的荷兰人转手，荷兰人