事实上郑成功现在也陷入了一个两难的境地：如果将水师放在岛北，岛南就根本抵挡不住大兴军舰队的进攻。
如果放在南边，北面数万步卒一旦登岛，后果仍然不堪设想。若将水师船只平均分配，南北分守，则两面都处于兵力数量劣势，形势依然危急。
“大兴军的水师虽然有铁甲舰，木船数量也不少，但他们的士卒却远远没有我军精锐。”郑成功沉思了好半晌，这才缓缓说出了自己的打算。
“本公决定，亲率九镇水师于岛南迎战大兴军，剩下一镇船只由马提督统带，协同步军共防大兴军步卒登岸！”
一镇兵马一千二百人，大小船只有五六十艘，这么点数量对于数万大兴军来说简直是杯水车薪，但郑成功没有更好的办法，如果岛北一条船都不留，大兴军就可以从容乘船发起进攻。
“大兴军的铁甲舰看似威猛不惧火攻，但它们船身低矮，正适合我军跳帮作战。岛北水师尽量迟滞贼军，等到岛南水师重创贼军舰队，便可救援岛北！”
郑成功麾下水师的作战方式依旧和郑芝龙时代一样使用传统的冲撞战术，他们利用自己船身高、士卒善于在船上作战的优势，