孔有德和耿仲明都是辽东人，早年努尔哈赤攻取辽东时，这二人就裹挟在难民中逃到皮岛，被毛文龙看中收为养孙，颇为重用，这两人因经历相同，又因逃难时一起上了皮岛，关系很是密切。
后来毛文龙又收了尚可喜为养孙，这让孔、耿二人大为不满，没有什么其他原因，争宠罢了。
毛文龙被袁崇焕斩首之后，袁崇焕将皮岛兵马分为两协，由副总兵陈继盛和刘兴祚分领。孔耿二人不服陈继盛管辖，便率部投奔了登莱巡抚孙元化，分别任左营参将和中军参将，而尚可喜则仍然留在皮岛。
后来东江总兵黄龙镇守皮岛，他有一个部将李梅是耿仲明的党羽，因私通海寇被黄龙打入大牢。耿仲明的弟弟都司耿仲裕当时也在黄龙麾下，李梅事发之后，他便率部以索要军饷为名，包围了黄龙的衙门，把黄龙押到演武场，将其腿打断并且割去耳鼻，并且准备要杀掉他，因诸将劝阻才放弃。
当时分屯海上的尚可喜闻讯后赶回皮岛镇压兵变，杀了耿仲裕、王应元等带头者，扶黄龙复出视事，黄龙上疏请加罪于耿仲明，孙元化则弹劾黄龙贪污军饷导致发生兵变。
崇祯帝派人查核耿仲明主使之事，时任三边总督的杨嗣昌上疏说此事实为抚孙元化、镇黄