最可悲的是，那些给土司做牛做马的奴隶居然也二话不说就跟着起兵造反了，一时间，西南遍地烽火，处处狼烟。这种情况朝廷也有预料，那些土司肯定是要收拾的，他们起兵造反，正中朝廷下怀。但是那些被奴役的奴隶也跟着造反，而且反得比土司还要积极，就让隆武帝想不通了，老子要分田地给你们，要让你们过好日子啊，你们干嘛要反我！最后还是秦良玉解开了他的疑惑：
“那些奴隶，从一出生就开始被土司欺负，慢慢的就觉得土司骑到他们头上是天经地义的事情，如果有人要将骑在他们头上的土司踹翻，他们甚至比挨踹的土司还要愤怒！这些贱骨头，没救了的！”
隆武帝问：“那朝廷当如何应对？”
秦良玉说：“只能打，打到他们将朝廷当成新的主人为止。”
隆武帝沉吟良久，说：“那就打吧。”
于是，秦良玉和秦翼明姑侄俩率领一万六千川军挺进大西南，在崇山峻岭之间展开清剿行动，直杀得血流成河。这场针对西南土司的清剿行动持续了三年之久，那些桀骜不驯的土司尝到了跟国家机器对于抗的最苦涩的滋味，不知道多少部落就这样彻底消失在林莽之间了，至于土司本人也是身死族灭，悬首京师。西南大清剿为隆武