文官官制改革比起军制改革来复杂得多。没有办法，这一改革直接关系着百万读书人的利益，任改改动都影响着无数学子的命运，稍有不慎就可能引发灾难性后果。元朝是怎么完蛋的？原因有很多，其中最重要的一条就是降低了读书人的地位，将读书人打成了老九————差不多是跟乞丐、娼妓的地位差不多了。那些读书人没了出路，自然要造反的，偏偏元朝又很能作死，所以这个超级大国一下子就被弄死了，渣都没剩下来。所以到了明朝中叶，大家明知道现有的制度有很大问题也不敢去动，宁可抱残守缺混下去也不敢改革，害怕重蹈元朝的复辙呢。
不过朱聿键没有这方面的顾虑。这一仗把大半个大明给打烂了，没了那么多坛坛罐罐，他反而可能放开手脚，大刀阔斧的进行改革，而崇祯就绝对做不到。他比崇祯更有优势的地方就在于，他长时间生活在民间，对大明现行的制度的弱点看得一清二楚，而崇祯能看到的只有紫禁城这一方天地，知道有问题，却不知道问题出在哪里。
隆武新政关于文官官制改革的第一条就是，废除次辅和枢辅，首辅改名为首相，内阁最高权力系于首相一身。首相由军政两界最杰出的人才竞选产生，皇帝无权任命，不得干涉竞选，不管选上来的是谁，